ゲームを愛するごく普通の高校生・武藤遊戯。彼は古代エジプトの秘宝・千年パズルを完成させた事により、封じられていた魂をその身体に宿す。武藤遊戯に危機が迫るとその魂の人格であるもう一人の遊戯が現れ、闇のゲームにより正義を執行していくのだ。

やがて２人の遊戯は互いを信頼するようになり、千年アイテムの秘密を巡って数々の強敵たちとカードゲーム「マジック＆ウィザーズ」で闘う事となる。「マジック＆ウィザーズ」の創造主であるゲームデザイナー、ペガサス・J・クロフォードもその１人だった。